儿童尖锐湿疣的传染途径大多以非性接触传染途径为主要途径，尤其是在婴幼儿期，几乎不可能有性接触传染途径存在，这是与成年人主要是经性接触传染途径的主要区别。但对年龄较大的儿童患尖锐湿疣则要考虑有性虐待等多方面因素。国外有学者认为，当儿童被确诊为尖锐湿疣时，医生应意识到存在性虐待的可能性。
1、非性接触传染途径
前面已述HPV母婴传染途径。归纳起来儿童尖锐湿疣非性接触传染途径可能有：
①垂直传染：即在妊娠期间孕妇HPV感染通过胎盘传染给胎儿;
②宫内传染：即胎儿通过吞饮含HPV的羊水而被传染;
③产道传染：即婴幼儿经过有尖锐湿疣或HPV感染的产道时被传染;
④接触物传染：即儿童在日常生活中与有尖锐湿疣的患者或HPV感染者如其父母、家庭中其他成员或保姆、幼教老师等的密切接触而被传染。这些接触物可能是尖锐湿疣损害、病变分泌物以及被HPV污染的衣物、毛巾等;
⑤异体接种和/或自体接种传染：即通过手接触生殖器传染，如当有尖锐湿疣的患者之手接触尖锐湿疣损害或HPV污染的物品后再接触正常儿童皮肤粘膜则引起异体间接种传染，或有尖锐湿疣的患儿接触疣体的手再接触其自体正常皮肤粘膜而导致自体接种传染。
Handley等报道42例儿童肛门生殖器尖锐湿疣患者中有12例(28.6%)是通过有HPV感染母亲的产道传染，3例(7.1%)为自;体接种感染，27例(64.3%)传染来源不明，但有20例其家庭成;员中有非生殖器疣或其他肛门生殖器感染存在或其母亲有宫颈上皮内瘤。0balek等报道32例儿童尖锐湿疣中12例患儿的母亲有外阴部尖锐湿疣，10例患儿的母亲有宫颈部尖锐湿疣，10例患儿的父亲有外生殖器疣。从国内报告的儿童尖锐湿疣来看，47例中21例患儿的母亲或父亲或其父母均有尖锐湿疣或尖锐湿疣病史，1例患儿是在尿道下裂手术后发生的，其余的传染来源不明。这些资料提示儿童尖锐湿疣非性接触传染途径的存在，而且，患儿的父母及其家庭成员中有尖锐湿疣病史是儿童尖锐湿疣感染的主要因素。
2、性传染途径
多数学者认为儿童虽然没有性行为，但也可能通过性暴力和/或性虐待感染HPV，继而发生尖锐湿疣。也有少数学者认为儿童尖锐湿疣、特别是年龄较大儿童的尖锐湿疣是由性乱引起的。 Raimer等估计在儿童尖锐湿疣中约40%-80%是遭受性虐待所引起的。有学者指出在判断儿童因性虐待而发生尖锐湿疣的问题上要持谨慎态度，在排除其他途径传染可能性的同时，还需要具备确凿的性虐待证据：如儿童有睡眠紊乱、恐惧、畏缩、过分服从、服从配合姿势等异常行为出现才提示有性虐待发生。在年龄上遭受性虐待而发生尖锐湿疣的年龄多在8-12岁，患儿年龄越小受性虐待的可能性越小。在性别上，受性虐待的女性儿童多于，男性儿童，有报告女男比例超过2：1，这可能是因为女性儿童较男性儿童更容易遭受到性虐待的缘故。受性虐待而引起尖锐湿疣的儿童损害发生部位主要在肛门、尿道口、阴唇等部位。
Shehon等研究30例儿童尖锐湿疣患者的资料发现，有近1/3的患儿有性接触史。Gibson等报告25例肛门外生殖器尖锐湿疣的儿童中10例疑为性乱所引起。Derksen报告7例2-12岁儿童尖锐湿疣患者，其中6例损害发生于肛周，1例损害发生在阴唇部，并通过其病史和检查确认有5例是通过性乱而引起的。Herman等报告12岁以下的11例女性儿童外生殖器疣患者中有9例为尖锐湿疣(另2例为寻常疣)，通过病史及检查证明均由性接触传染。在Obalek等的报告中1例11岁女性儿童有性乱史。这些资料表明年龄较大儿童发生尖锐湿疣可能通过性接触传染。但正如上所提出的在判定儿童由性接触而引起的尖锐湿疣时应特别注意，除非有确凿的证据表明，否则应多考虑其他传染途径。
