1、显性感染
病损初起为小而淡红丘疹，以后逐渐增大、增多、增生成疣状突起，颜色从粉红色到灰白色或污灰色，取决于单个乳头毛细血管的充盈状态。病变从平滑、珍珠样到边缘很不整齐，表面凹凸不平，互相重叠，形如乳头样、蕈样、菜花样及鸡冠状。质地柔软，触之易出血，表面常潮湿，大小自不足1mm到2cm不等。可融合成大的团块易发生糜烂、渗液，继发感染可带有恶臭等。同一患者常有多种类型表现。男性好发于龟头、冠状沟、包皮内侧、包皮系带、尿道口、阴茎部及阴囊。同性恋者好发于肛周及直肠部。女性患者可累及从子宫颈到肛门所有鳞状上皮覆盖区域的多个部位，呈多中心病变，严重者可累及官腔。外阴尖锐湿疣最常见，初发于潮湿和性交摩擦部位，如阴道口、处女膜，也可扩散到外阴其他部位或肛周。
大多数生殖器疣可自行消退或无变化或继续增长，20%～30% CA损害可在3个月内消退，皮疹持续存在者不进行治疗，病程可迁延、反复，部分可恶化。
有一种疣生长过度，成巨大型，与HPV-6型有关，临床颇似鳞状细胞癌，称癌样尖锐湿疣，又叫巨大型尖锐湿疣，其组织多为良性病变，少数可恶变。
2、亚临床感染
通常指临床上肉眼不能辨认的病变，但用3%～5%醋酸液局部外涂或湿敷5～l0min可在HPV感染区域发白，即所谓“醋酸白现象”（acetowhitening phenomenon）。近年来由于HPV-16和HPV-18型感染增多，因此亚临床感染病例增加。
HPV亚临床感染，损害可以单独存在，也可以与典型的尖锐湿疣同时存在，其损害表现有如下三种形态。
（1）微小无蒂疣病变
微小无蒂疣病变可波及阴茎、外阴、阴道、宫颈、尿道和膀胱、肛门和肛门周围等部位，疣多无蒂，扁平状，体积较小。常见病毒为HPV-16型，常因病损小而易被忽略。
（2）微小的乳头状隆起
多见于女阴前庭和阴道，多发，呈绒毛状隆起，有时多数小的突起融合形成颗粒状外观，与F{PV-6有关，发生于女阴前庭者可有瘙痒和烧灼感。
（3）外观正常的环状病损
表现为无隆起的扁平的皮损，即非特定的内皮瘤形成。此种病损只有涂布醋酸使之发白后，才能识别，常见于阴茎，女性外阴、阴道和官颈。
西方国家大多数宫颈HPV感染是亚临床型，30%以上的宫颈HPV亚临床感染为HPV-16所致。男性患者在阴茎上发生此种病变为突出表皮疣的2倍，可分布于包皮和阴囊，直径很小，也可大至1cm，圆形，呈棕色至暗蓝色的无蒂丘疹，分布于男性和女性外阴，甚至侵及肛门、直肠、尿道等处。
3、潜伏感染
无症状也无肉眼可见的病变，常用核酸杂交或PCR技术检测HPV-DNA方能确诊。正常妇女感染HPV可高达70%，正常的新生儿包皮中也能检查到这种病毒。
