尖锐湿疣的诊断主要是专科医生经过观察患者的临床症状后得出的诊断，可以说95%以上的尖锐湿疣患者可以通过普通的临床观察得出诊断，而不必依靠实验室诊断。复杂而难于诊断者一般需要病理学诊断，而非普通的抽血化验检查。
尖锐湿疣在发病前有较长时间的潜伏期，可以长达3至6个月甚至一年。在潜伏期内诊断是非常困难的，只有出现疣状增殖物才可以对尖锐湿疣做出诊断。由于病原体人乳头瘤病毒只感染人体的皮肤黏膜而不进入血液，感染后也难以查出抗体，因而抽血化验是不必要的，也没有意义。
非正规医疗单位，经常用抽血化验的方法唬人，明明患者没有任何尖锐湿疣的临床症状，却让患者出钱做抽血化验，然后煞有介事地说患了尖锐湿疣云云，患者往往深信不疑，其实是进了设定的陷阱。还有一些女性，小阴唇上出现大小一致的鱼卵状丘疹或排列规则的绒毛状增生物，这在临床上称为女性假性湿疣，是一种生理上的发育变异，也可能与慢性炎症刺激有关，总之与尖锐湿疣毫不相干，也肯定与人乳头瘤病毒感染无关。但经常有患者被误诊为尖锐湿疣，到处求医，给自己背上性病的包袱。为避免出现这些情况，最好的办法是去正规医院找专业的皮肤科、性病科的医生做出正确诊断。
